全面吸收阮元《十三经注疏校勘记》和孙诒让《十三经注疏校记》的校勘成果。对阮元《校勘记》中已有明确是非判断者,据之对底本正文进行改正对其无明确是非判断者,出校记两存。孙诒让《十三经注疏校记》系专门针对阮元《十三经注疏校勘记》而作的一种补充和再校勘。对孙著中有明确是非判断者,据之对底本正文进行改正,或对阮校进行纠谬；对其无明确是非判断者,出校记两存。在尽量保存底本原貌的基础上,择善而成,并力求全面反映各种版本的差异。对底本与各校本有歧异,但文意两通的,只出校记说明；对于因文字出入而可能导致所证事实完全不相符合或性质形成较大差异的,原则上略作考证以决定取舍。另外,还择要吸收了古今学术界有关十三经及其注疏的校勘、辩证、考异、正误等方面的成果,并摘要以按语的形式录入页下。

十三经的经文有过多种整理本,但其注疏却从未进行过系统、全面的整理,本次整理旨在填补学术界这一空白。