透納十二歲,是牧師的兒子,他和爸爸媽媽從波士頓搬到緬因州,可是緬因州的孩子欺生,處處給他難堪,棒球故意不讓他打到、說話帶刺,又逼他從懸崖上跳水；他嚥不下這口氣,索性離大家遠遠的。在孤單一個人的時候他遇到了馬拉加島上的黑人女孩莉莉,他和莉莉一起到島上認識當地黑人,並成了好朋友。他也常和莉莉一起在海灘練習打棒球,一起挖蛤蜊。有一次他們一起划船到外海,看到了鯨在他們近邊同遊,透納看到了鯨的眼睛,覺得它裡面似乎藏著洞悉世間的祕密；因此鯨的眼神時時在他心裡環繞。

日子久了,透納漸漸發現當地一些特權份子找他爸爸過來傳道,真正的用意其實是希望利用他爸爸的背書,把馬拉加島的黑人趕走,好讓他們發展觀光事業。透納眼看著島上的好朋友一個個被驅逐出境,心生不忍,要想將自己受贈自一位老太太那兒的房子,送給莉莉,卻被當地人制止,最後莉莉甚至被送往精神病院,死在院中,而他爸爸也因為要保護他,和一名當地警官拉扯而摔下懸崖。他爸爸落海前的眼睛讓他想起鯨眼洞悉一切的眼睛。

特權份子騙了居民的錢,捲款潛逃後,當地人因有了覺悟而接納透納和透納的媽媽。透納也和當年找他麻煩的孩子成了朋友。每當他覺得寂寞,他就會划船到外海找鯨,看看牠們清澈的眼。